ส้วมที่ถูกน้ำท่วมขังเป็นเวลานาน อาจปนเปื้อนเชื้อโรค จากอุจจาระ

และส่งผลให้เกิดโรคระบาดต่าง ๆ ตามมา เช่น อหิวาตกโรค อุจจาระร่วง จึงต้องจัดการดังนี้

1. ชำระล้าง สิ่งสกปรกดินโคลนบริเวณส้วมที่เคยถูกน้ำท่วม

2. เก็บกวาดขยะ และสิ่งสกปรกตกค้างที่ถูกพัดพามากับน้ำ ใส่ในถุงดำนำไปกำจัด

3. ในกรณีที่ส้วมเต็มหรืออุดตันให้ ใช้ EM ชนิดผง ละลายน้ำสะอาดเทลงในโถส้วม (จุลินทรีย์จะลงไปอยู่ในบ่อเกรอะ) ช่วยแก้ปัญหากลิ่นเหม็น ส้วมเต็ม ส้วมอุดตัน และใช้ต่อเนื่องสัปดาห์ละ 1 ครั้ง จะทำให้กลิ่นและแก๊สที่เกิดจาการหมักลดลง